Perbezaan utama antara kalsium hipoklorit dan natrium hipoklorit ialah kalsium hipoklorit mengandungi dua anion hipoklorit yang berkaitan dengan satu kation kalsium sedangkan natrium hipoklorit mengandungi satu anion hipoklorit yang berkaitan dengan satu kation natrium. Dalam penampilan, kalsium hipoklorit adalah serbuk putih hingga kelabu sementara natrium hipoklorit adalah pepejal berwarna kuning kehijauan dengan bau yang manis.
Kalsium dan natrium hipoklorit adalah sebatian ion yang mengandungi kation logam dan anion yang berasal dari klorin. Bilangan anion per kation sebatian ini berbeza antara satu sama lain mengikut keberanian kation logam.
