Perbezaan utama antara biotransformasi dan metabolisme adalah bahawa biotransformasi adalah bahagian metabolisme di mana transformasi biokimia berlaku pada ubat atau sebatian tertentu sementara metabolisme merujuk kepada semua reaksi biokimia yang berlaku pada organisma hidup.
Metabolisme adalah istilah yang luas, yang tidak merangkumi semua reaksi biokimia yang berlaku dalam organisma hidup tetapi juga metabolisme ubat-ubatan. Oleh itu, metabolisme adalah aktif dari kemasukan sebatian tertentu ke penghasilan sebatian itu dalam organisma hidup. Lebih-lebih lagi, metabolisme ubat atau xenobiotik adalah bidang penting Biokimia yang dikaji secara meluas di seluruh dunia. Metabolisme xenobiotik merangkumi banyak prosedur. Objektif utama metabolisme xenobiotik atau metabolisme ubat melibatkan semua pengubahsuaian biokimia yang berlaku dalam ubat. Biotransformasi juga merupakan bahagian metabolisme xenobiotik. Oleh itu, biotransformasi dari satu sebatian ke sebatian lain adalah penting untuk menambahkan sifat seperti kelarutan pada sebatian, dll.
