Perbezaan utama antara flagella dan silia adalah bahawa flagela panjang dan terdapat dalam satu hingga lapan setiap sel sementara silia pendek dan terdapat dalam ratusan per sel.
Cilia dan Flagella adalah struktur kecil yang melekat pada sel eukariotik dan prokariotik. Mereka menonjol dari permukaan sel mereka. Struktur ini membantu dalam pergerakan organisma uniselular. Oleh itu, mereka terutamanya mengandungi protein yang disebut mikrotubulus atau badan basal. Dalam kes organisma eukariotik sel tunggal, silia dan flagela sangat penting untuk pergerakan. Sebaliknya, dalam organisma multiselular, silia dan flagela membantu pergerakan cecair dan bahan lain di sepanjang tiub badan semasa melakukan fungsi menggerakkan sel atau sekumpulan sel. Walau bagaimanapun, terdapat beberapa perbezaan antara flagella dan silia; terutamanya, mereka berbeza antara satu sama lain mengikut panjang, saiz, penampilan dan jenis sel yang dilekatkannya.
