Perbezaan utama antara silia stereocilia dan microvilli adalah bahawa silia adalah struktur seperti rambut kecil yang terdiri daripada mikrotubulus sementara stereocilia adalah sekumpulan unjuran seperti rambut yang terdiri daripada filamen aktin dan mikrovili adalah lipatan membran sel yang terdiri daripada filamen aktin.
Cilia, stereocilia dan microvilli mungkin muncul sebagai struktur serupa apabila diperhatikan dari luar. Tetapi mereka secara struktur dan fungsional berbeza antara satu sama lain. Mereka adalah struktur seperti rambut yang bersifat mikroskopik. Lebih-lebih lagi, mereka adalah serat protein yang memanjang keluar dari sel.
