Perbezaan utama antara endotelium dan mesothelium adalah bahawa endotelium adalah lapisan sel epitel skuamosa sederhana yang melapisi keseluruhan sistem peredaran darah termasuk saluran darah, saluran limfa dan jantung sementara mesothelium adalah lapisan sel epitel skuamosa sederhana yang melapisi rongga badan utama seperti peritoneum, pleura dan perikardium.
Epitelium, mesothelium dan endotelium adalah tiga jenis lapisan sel yang melapisi organ dalaman kita, rongga badan dan kulit. Oleh itu, mereka semua adalah penghalang pelindung badan. Secara struktural, mesothelium dan endothelium adalah lapisan epitel khusus atau diubahsuai dengan asal mesodermal. Oleh itu, mereka terdiri daripada sel epitelium skuamosa sederhana. Kedua-dua mesothelium dan endothelium adalah tisu berlapis tunggal. Mereka melapisi permukaan dalaman tertentu.
