Perbezaan utama antara alel dan genotip adalah bahawa alel adalah salah satu bentuk varian gen yang terletak di lokus genetik kromosom yang sama sementara genotip adalah perlembagaan genetik sifat tertentu.
Genetik adalah kajian mengenai gen dan corak keturunan dalam organisma. Kromosom adalah struktur yang mengandungi maklumat genetik organisma. Oleh itu, dalam eukariota, terdapat sejumlah kromosom tertentu yang terdapat di dalam genom. Setiap kromosom mempunyai ribuan gen yang merupakan kawasan spesifik kromosom. Sebenarnya, gen adalah unit struktur dalam genetik yang menyimpan maklumat genetik untuk menghasilkan protein. Setiap gen mempunyai dua salinan turun dari setiap induk.
Begitu juga, alel adalah varian gen atau bentuk gen. Lebih-lebih lagi, setiap gen mempunyai dua bentuk alel yang menentukan ciri yang dikodkan oleh gen tersebut. Oleh itu, genotip adalah susunan genetik organisma yang ditentukan oleh pembahagian alel dalam gen yang berbeza.
