Perbezaan utama antara kromatin dan kromosom adalah bahawa kromatin adalah DNA yang tidak terikat dan tidak terungkap yang wujud sebagai kompleks protein DNA dan histon sementara kromosom mengandungi struktur pekat tertinggi heliks ganda DNA untuk pemisahan bahan genetik yang betul antara sel anak.
Kromatin dan kromosom adalah dua kategori struktur heliks ganda DNA yang terdapat pada tahap sel yang berbeza. Adalah penting untuk memasukkan keseluruhan DNA yang menyimpan maklumat genetik sel ke dalam inti eukariotik untuk wujud. Oleh itu, kromatin adalah bentuk biasa DNA yang dibungkus di dalam sel. Sebaliknya, kromosom adalah struktur terpenting dalam sel semasa pembahagian sel, dan ia mengandungi bahan genetik dalam bentuk DNA. Ini kerana mereka bertanggungjawab untuk menyebarkan maklumat keturunan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Terdapat dua jenis kromosom sebagai autosom dan kromosom seks. Kromosom seks penting dalam penentuan jantina sementara autosom menentukan ciri lain. Secara amnya, kromosom muncul semasa metafasa pembahagian sel.
