Perbezaan utama antara mesoderm dan mesenchyme adalah bahawa mesoderm adalah salah satu daripada tiga lapisan kuman haiwan simetris dua sisi sementara mesenchyme adalah tisu yang tidak dibezakan yang terdapat pada mesoderm benar embrio.
Pada haiwan diploblastik, rancangan badan agak mudah dengan dua lapisan sel. Kedua-dua lapisan tersebut adalah ektoderm luar dan endoderm dalaman. Sel ectoderm menghadap ke persekitaran, dan sel endoderm menghadap enteron, yang merupakan rongga dengan satu bukaan ke luar. Pembukaan adalah mulut. Lebih-lebih lagi, keadaan triploblastik adalah keadaan di mana lapisan ketiga yang dikenali sebagai mesoderm dikembangkan di dalam embrio. Mesoderm terletak di antara ectoderm dan endoderm, memisahkan dua lapisan sel. Lapisan ketiga penting untuk badan. Pada haiwan tertentu, sebahagian besar mesoderm tetap tidak dapat dibezakan dan membentuk tisu pembungkus yang dikenali sebagai mesenchyme, yang menyokong dan melindungi organ tubuh.
