Perbezaan utama antara FISH dan CGH adalah bahawa FISH adalah teknik molekul yang mengesan urutan DNA spesifik pada kromosom menggunakan probe berlabel fluoresen, sementara CGH adalah teknik sitogenetik molekul lain yang mengesan perubahan DNA genom.
Analisis sitogenetik memainkan peranan penting dalam perubatan ketika mengesan kelainan kromosom seperti aneuploidi, penghapusan, pendua, dan penyusunan semula, dan lain-lain. Kelainan kromosom akhirnya menyebabkan penyakit genetik seperti barah, kemandulan, sindrom Down, sindrom Klinefelter, sindrom Turner, leukemia, dll. Terdapat pelbagai kaedah sitogenetik molekul untuk mengesan kecacatan dan penyakit yang disebutkan di atas. Antaranya, FISH (hibridisasi in situ pendarfluor) dan CGH (hibridisasi genomik perbandingan) adalah dua teknik hibridisasi yang kuat. Walau bagaimanapun, kedua-dua kaedah mempunyai kelebihan dan kekurangan.
