Perbezaan utama antara QTL dan GWAS bergantung pada jenis urutan yang digunakan dalam analisis. QTL menggunakan lokasi gen penghubung untuk menganalisis sifat fenotipik yang berkaitan dengan pewarisan poligenik sementara GWAS menggunakan urutan genom keseluruhan untuk menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal dari keadaan tertentu.
Peta QTL dan GWAS memainkan peranan penting dalam analisis genetik untuk sifat yang berbeza. Selanjutnya, mereka penting dalam menganalisis pelbagai keadaan penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui. Di samping itu, penjujukan memainkan peranan penting dalam kedua teknik ini. Teknik-teknik ini selanjutnya dapat digabungkan dengan teknik throughput tinggi yang lain untuk meningkatkan ketepatan dan ketepatan.
