Perbezaan utama antara kemurahan maksimum dan kemungkinan maksimum bergantung pada kaedah yang digunakan dalam mengembangkan pokok filogenetik. Parsimoni maksimum berfokus pada meminimumkan jumlah keadaan watak semasa pembinaan pohon filogenetik sementara kemungkinan maksimum adalah pendekatan statistik dalam melukis pokok filogenetik bergantung pada kemungkinan antara data genetik.
Filogeni adalah pendekatan baru terhadap klasifikasi dan tatanama organisma. Filogeni bergantung pada data genetik dan hubungan evolusi. Data genetik adalah hasil penjujukan DNA. Dalam filogeni, klasifikasi organisma berlaku berdasarkan nenek moyang bersama. Ketaksuban maksimum dan kemungkinan maksimum hubungan filogenetik meningkatkan ketepatan dan kebolehpercayaan pokok filogenetik.
