Perbezaan utama antara mitokondria dan kinetoplast adalah bahawa mitokondria adalah organel sel eukariotik yang menghasilkan tenaga (ATP). Sementara itu, kinetoplast adalah rangkaian DNA pekeliling yang terdapat di dalam mitokondria besar, khususnya di protozoa kelas Kinetoplastea.
Sel eukariotik mempunyai pelbagai jenis organel sel. Organel yang berlainan ini menjalankan fungsi yang berbeza di dalam sel hidup. Daripada jumlah tersebut, mitokondria adalah salah satu organel yang terikat membran yang dilihat dalam sel eukariotik. Mereka adalah organel yang bertanggungjawab untuk pengeluaran tenaga (dalam bentuk ATP) dalam sel. Oleh itu, mereka dianggap sebagai pusat kuasa sel. Mitokondria mempunyai genom mereka sendiri, iaitu DNA bulat yang diwarisi oleh ibu. Kinetoplast adalah rangkaian DNA pekeliling yang dilihat pada mitokondria besar organisma yang tergolong dalam kelas Kinetoplastida. Oleh itu, kinetoplas hanya dilihat di subdomain eukariotik ini.
