Perbezaan utama antara proteomik dan metabolomik adalah bahawa proteomik adalah kajian terhadap semua protein organisma sementara metabolomik adalah kajian semua metabolit organisma.
Genomik adalah kajian pembentukan genetik organisma. Proteomik dan metabolisme adalah dua ilmu omik yang berkaitan dengan genomik. Proteome merujuk kepada semua protein dalam sel atau organisma. Metabolome, sebaliknya, merujuk kepada semua metabolit organisma. Oleh itu, kajian mengenai proteome adalah proteomik manakala kajian mengenai metabolom adalah metabolomik. Kedua-dua proteomik dan metabolisme penting dalam diagnostik penyakit dan pencirian dan pemeriksaan organisma. Lebih-lebih lagi, kedua-duanya saling berkaitan dalam banyak aspek biologi sel, terutama dalam pensinyalan sel, penurunan protein dan penjanaan serta pengubahsuaian pasca terjemahan.
