Perbezaan utama antara transplantasi sel induk autologous dan allogen adalah bahawa, dalam transplantasi sel induk autologis, sel seseorang sendiri digunakan dalam transplantasi, sementara dalam transplantasi sel stem allogeneik, penderma dipadankan sebelum transplantasi dan kemudian diberikan.
Pemindahan sel stem adalah teknik yang digunakan terutamanya dalam rawatan barah. Dalam pemindahan sel induk, sel induk dengan ciri maju yang sesuai diberikan sehingga mereka berkembang menjadi sel imunologi yang mampu memusnahkan sel barah. Fungsi lain adalah untuk melindungi sel-sel yang tidak ganas di dalam badan. Transplantasi sel stem autologous dan allogeneic adalah dua jenis teknik pemindahan sel stem. Transplantasi sel induk autologous menggunakan sel induk sendiri untuk transplantasi, sementara transplantasi sel stem allogen menggunakan sel induk penderma yang sesuai.
