Perbezaan utama antara transplantasi allogeneic dan autologous bergantung pada sumber sel induk untuk transplantasi. Transplantasi allogenik menggunakan sel stem baru dari penderma yang berbeza sementara transplantasi autologous menggunakan sel induk pesakit sendiri.
Sel induk adalah sel yang tidak dapat dibezakan yang dapat membahagi dan membezakan menjadi pelbagai jenis sel yang lain. Akibatnya, sel-sel ini mempunyai kemampuan untuk memperbaharui diri. Oleh itu, mereka adalah asas untuk organ dan tisu kita. Selanjutnya, mereka bertindak sebagai sistem pembaikan badan kita. Oleh kerana sel induk mampu menghasilkan lebih banyak sel anak dengan jenis yang sama atau membezakan menjadi jenis sel tertentu, sel ini digunakan dalam terapi sel stem untuk menggantikan tisu yang tidak berfungsi atau berpenyakit dengan tisu yang sihat. Terapi sel stem boleh bersifat allogenik atau autologous. Ia bergantung pada sel stem baru yang digunakan untuk menggantikan tisu dalam pemindahan. Dalam terapi sel induk, jika sel induk yang digunakan adalah milik pesakit, ia dikenali sebagai transplantasi autologous. Tetapi, jika berasal dari penderma yang berbeza, maka ia disebut transplantasi allogenik.
