Perbezaan utama antara jenis V dan jenis ATPase F ialah ATPase jenis V berfungsi sebagai pam ion yang didorong oleh ATP sementara ATPase jenis F berfungsi sebagai sintase ATP dalam sel.
ATPase adalah istilah yang merujuk kepada enzim yang dapat menghidrolisis ATP. Secara amnya, ATPases menguraikan ATP dan tenaga yang dikeluarkan semasa tindak balas digunakan untuk bekerja kerana ATP adalah mata wang tenaga yang memberikan tenaga untuk semua proses selular. Pecahan ATP memerlukan ATPases. Oleh itu, ATPases menurunkan tenaga pengaktifan hidrolisis ATP. Terdapat empat jenis ATPases utama seperti F-ATPases, V-ATPases, A-ATPases dan P-ATPases. ATPase jenis V terutamanya terdapat dalam vakuola sel eukariotik. Sebaliknya, ATPase jenis F terdapat pada membran plasma bakteria, membran dalaman mitokondria dan kloroplas. Mereka memangkin hidrolisis atau sintesis gandingan ATP dengan pengangkutan H + (atau Na +) melintasi membran.
