Perbezaan utama antara fluksionalitas dan tautomerisme adalah bahawa fluksionaliti merujuk kepada pertukaran beberapa atau semua atom dalam molekul sedangkan tautomerisme merujuk kepada pertukaran proton antara molekul.
Kedua-dua istilah fluksionaliti dan tautomerisme merujuk kepada pertukaran atom antara kedudukan yang berbeza seperti kedudukan paksi dan khatulistiwa. Sekiranya kedudukan yang berbeza ini terletak pada molekul yang sama, maka ia adalah fluksionaliti. Tetapi jika atom yang ditukar adalah atom hidrogen (proton) dan kedudukannya berada dalam dua molekul yang berbeza, maka ia disebut tautomerisme.
