Perbezaan utama antara primer dan promoter adalah bahawa primer adalah urutan DNA pendek yang disintesis secara komersial yang digunakan dalam PCR untuk penguatan urutan DNA sasaran sementara promoter adalah urutan DNA spesifik yang menyediakan laman pengikat awal yang selamat untuk polimerase RNA dan faktor transkripsi dalam memerintahkan untuk memulakan transkripsi.
Primer dan promoter adalah dua jenis urutan DNA. Primer adalah serpihan kecil DNA yang diperlukan untuk tindak balas rantai polimerase (PCR). Ia mempunyai urutan nukleotida pendek yang melengkapi hujung helai DNA yang mengapit. Terdapat dua jenis primer, dan ia berfungsi sebagai titik permulaan untuk sintesis helai DNA baru. Sebaliknya, promoter adalah urutan DNA tertentu yang terletak di hulu ke lokasi permulaan transkripsi gen. Ia secara langsung berinteraksi dengan komponen mekanisme transkripsi seperti RNA polimerase dan faktor transkripsi untuk mengawal transkripsi DNA. Oleh itu, RNA polimerase dan faktor transkripsi lain mengikat urutan promoter dan memulakan transkripsi.
