Perbezaan utama antara histopatologi dan sitologi adalah bahawa histopatologi adalah kajian terhadap tisu yang berpenyakit menggunakan mikroskop sementara sitologi adalah kajian mengenai sel-sel individu badan.
Sel adalah unit struktur asas kehidupan. Semasa diagnosis penyakit dalam perubatan, sel dan seluruh tisu diperiksa oleh ahli patologi. Kajian mengenai tisu berkaitan dengan penyakit dikenali sebagai histopatologi. Sebaliknya, kajian jenis sel tunggal dikenali sebagai sitologi. Oleh itu, histopatologi melihat tisu sementara sitologi melihat sel individu.
