Perbezaan utama antara pencernaan protein di perut dan usus kecil adalah bahawa pencernaan protein di dalam perut berlaku oleh pepsin dan asid hidroklorik sementara pencernaan protein di usus kecil berlaku oleh trypsin dan chymotrypsin yang disekresikan oleh pankreas.
Makanan yang kita makan tertakluk kepada pencernaan kimia dan mekanikal dalam sistem pencernaan. Setelah makanan dicerna, nutrien diserap ke dalam aliran darah kita melalui usus kecil. Pencernaan protein berlaku dalam dua peringkat: di perut dan di bahagian pertama usus kecil (duodenum) oleh protease. Di dalam perut, pepsin memecah protein menjadi asid amino dan oligopeptida. Pencernaan oligopeptida lebih lanjut ke dalam asid amino, dipeptida dan tripeptida berlaku di usus kecil oleh enzim pankreas.
