Perbezaan utama antara penjara persekutuan dan negeri adalah bahawa penjara persekutuan dikendalikan oleh Biro Penjara Persekutuan sementara penjara negeri dikendalikan oleh negeri. Lebih-lebih lagi, penjara persekutuan menahan penjenayah kolar putih sedangkan penjara negeri menahan lebih banyak penjenayah tegar.
Sistem penjara AS merangkumi penjara persekutuan dan juga negeri. Terdapat banyak penjara atau penjara negara di dalam negara yang mempunyai ribuan penjenayah yang dipenjarakan. Bilangan penjara persekutuan di AS agak kurang jika dibandingkan dengan jumlah penjara negara.
