Perbezaan utama antara kimia perubatan dan kimia farmasi adalah bahawa kimia perubatan berkaitan dengan perancangan, pengoptimuman, dan pengembangan sebatian kimia baru untuk menggunakannya sebagai ubat sedangkan kimia farmasi berkaitan dengan kajian ubat-ubatan dan perkembangannya.
Kedua-dua kimia perubatan dan kimia farmasi berkaitan dengan ubat atau ubat yang kita gunakan untuk merawat penyakit yang berbeza. Kedua-dua bidang ini membincangkan reka bentuk dan pengembangan ubat dengan perbezaan yang sangat sedikit. Satu perbezaan seperti itu ialah kajian kimia perubatan bukan sahaja mengenai ubat-ubatan tetapi juga mekanisme tindakan ubat-ubatan ini di dalam badan kita.
