Perbezaan utama antara sel induk pluripoten dan multipoten ialah sel pluripoten mempunyai kemampuan untuk membezakan ke dalam jenis sel mana-mana dari tiga lapisan kuman sementara sel induk multipoten mempunyai kemampuan untuk berkembang menjadi rangkaian jenis sel tertentu yang terhad.
Sel tertentu mempunyai keupayaan untuk membezakan jenis sel khusus yang lain. Keupayaan ini disebut sebagai potensi sel. Apabila sel dapat membezakan menjadi lebih banyak jenis sel, sel tersebut mempunyai potensi besar. Begitu juga, sel induk mempunyai potensi sel yang hebat. Mereka adalah sel-sel organisma multiselular yang tidak dapat dibezakan yang dapat membahagi dengan cepat dan membezakan kepada jenis sel yang lain. Oleh itu, terdapat dua jenis sel stem utama. Iaitu sel stem embrionik dan sel induk dewasa. Berdasarkan keupayaan untuk membezakan menjadi jenis sel, beberapa sel induk bersifat totipoten sementara beberapa sel pluripoten dan multipoten. Sel induk pluripoten dapat menjadi jenis sel dalam ketiga lapisan kuman sementara sel induk multipoten dapat membezakan menjadi jenis sel tertentu. Oleh itu, sel induk embrio adalah sel pluripoten. Sebaliknya, sel stem darah adalah sel stem multipoten.
