Perbezaan utama antara sel induk embrio dan somatik ialah sel induk embrio adalah sel yang tidak dapat dibezakan secara pluripoten yang mempunyai asal embrio sedangkan sel induk somatik adalah sel yang tidak berbezaan multipoten yang berasal dari tisu dan organ.
Sel stem adalah sel yang tidak dapat dibezakan yang mampu tumbuh menjadi tisu atau organ yang benar. Secara amnya, terdapat dua jenis sel stem utama sebagai sel stem embrio dan sel induk dewasa (sel stem somatik). Dalam kes pembezaan, sel induk embrio dapat membezakan ke dalam jenis sel apa pun. Sebaliknya, sel induk somatik hanya dapat dibezakan menjadi beberapa sel khusus tisu. Oleh itu, sel stem embrionik bersifat pluripoten sementara sel induk somatik bersifat multipoten. Dengan kata mudah, kemampuan membezakan sel stem embrio tinggi berbanding dengan sel stem somatik.
