Perbezaan utama antara heterokromatin dan euchromatin adalah bahawa heterokromatin adalah bentuk kromatin yang sangat padat yang umumnya tidak aktif sementara euchromatin adalah bentuk kromatin yang longgar yang umumnya aktif.
Kromatin adalah struktur yang menahan helai DNA kromosom. Heterokromatin dan euchromatin adalah dua jenis utama kromatin yang terdapat di dalam sel. Terdapat perbezaan antara heterokromatin dan euchromatin dari segi struktur dan fungsi. Selain itu, mereka juga berbeza dengan sifat transkripsi dan replikasi.
