Perbezaan utama antara haplogroup dan haplotype adalah bahawa haplogroup merujuk kepada sekelompok haplotip serupa yang mempunyai nenek moyang yang sama, sementara haplotype merujuk kepada sekumpulan alel yang diwarisi bersama dari satu generasi ke generasi kerana hubungan genetik.
Gen terutamanya terdiri daripada dua alel. Terdapat ribuan gen yang terdapat dalam kromosom. Semasa memisahkan, mereka menunjukkan crossover dan penggabungan genetik. Walau bagaimanapun, beberapa alel gen terletak berdekatan antara satu sama lain. Dengan kata mudah, alel ini menunjukkan hubungan genetik. Oleh itu, mereka tidak mungkin melakukan crossover atau bergabung semula. Sebaliknya, mereka selalu cenderung menyebarkan secara bersama dari generasi ke generasi. Oleh itu, haplotip adalah gabungan alel atau sekumpulan polimorfisme nukleotida tunggal yang terdapat pada kromosom yang sama yang diwarisi bersama sepanjang generasi dari ibu bapa tunggal. Haplogroup adalah sekumpulan haplotip serupa yang mempunyai keturunan yang sama.
