Perbezaan utama antara amonium kuarter dan amonia ialah molekul ammonia kuarter mempunyai atom nitrogen pusat yang terikat kepada empat kumpulan alkil sedangkan molekul ammonia mengandungi satu pusat nitrogen yang terikat pada tiga atom hidrogen.
Amonium kuarter adalah kation yang berasal dari molekul amonia normal. Di sini, ketiga atom hidrogen molekul ammonia digantikan dengan kumpulan alkil yang serupa atau berbeza, dan terdapat kumpulan alkil tambahan yang terikat pada atom nitrogen melalui pasangan elektron tunggal.
