Perbezaan utama antara prototropi dan tautomerisme adalah bahawa prototropi membincangkan dua bentuk molekul yang berbeza antara satu sama lain hanya pada kedudukan proton tertentu sedangkan tautomerisme membincangkan interkonversi dua isomer struktur melalui penempatan semula atom atau ikatan.
Prototropy adalah bentuk tautomerisme; ia adalah bentuk tautomerisme yang paling biasa. Tautomerisme adalah konsep dalam kimia organik yang menerangkan penukaran satu isomer struktur menjadi isomer lain melalui penempatan semula atom atau ikatan. Sekiranya penempatan semula berlaku dalam proton dalam molekul, maka kita memanggilnya prototropi. Oleh itu, tautomerisme jenis ini dikenali sebagai prototropik-tautomerisme.
