Perbezaan utama antara epistasis dan pleiotropy adalah bahawa epistasis adalah fenomena di mana satu gen pada satu lokus mengubah ekspresi fenotip gen pada lokus lain sementara pleiotropi menjelaskan fenomena di mana satu gen mempengaruhi pelbagai sifat fenotipik.
Epistasis dan pleiotropi adalah dua fenomena genetik. Epistasis berlaku apabila lebih daripada satu gen menentukan satu fenotip. Oleh itu, dalam epistasis, satu gen mempengaruhi ekspresi gen lain yang terletak di lokus yang berbeza. Sebaliknya, pleiotropi berlaku apabila satu gen menentukan beberapa fenotip. Oleh itu, satu gen menyumbang kepada pelbagai ciri. Kedua-dua epistasis dan pleiotropi adalah variasi dari Mendelian Inheritance.
