Perbezaan utama antara kacukan DNA-RNA dan dsDNA adalah bahawa hibrida DNA-RNA adalah nukleotida untai dua yang terdiri daripada satu helai DNA dan satu helai RNA pelengkap sementara dsDNA adalah DNA untai dua yang terdiri daripada dua helai DNA pelengkap.
Dalam keadaan asalnya, DNA adalah dua helai. Ia mempunyai dua helai DNA pelengkap yang terikat melalui ikatan hidrogen. RNA adalah helai tunggal dalam struktur asalnya. Dalam beberapa keadaan, RNA membentuk dupleks dengan DNA. Mereka dikenali sebagai kacukan DNA-RNA. Mereka terbentuk terutamanya semasa transkripsi dan pendaraban virus RNA onkogenik. Jika dibandingkan dengan dsDNA, hibrid DNA-RNA lebih stabil.
